吉野ヶ里遺跡は国の特別史跡に指定された文化財である。公園の整備に当たっては、その遺跡を損なわないように発掘調査後は盛土で保存し、その上に建物お復元や樹木の植栽を行っている。
吉野ヶ里遺跡の最大の特徴とされるのが集落の防御に関連した遺構である。弥生時代後期には外壕と内壕の二重の環濠ができ、V字型に深く掘られた総延長約2.5キロメートルの外壕が囲んでいる範囲は約40ヘクタールにもなる。壕の内外には木柵、土塁、逆茂木といった敵の侵入を防ぐ柵が施されている。また、物見櫓が環濠内に複数置かれていた。大きな外壕の中に内壕が2つあり、その中に建物がまとまって立てられている。北の集落は北内郭、南の集落は南内郭と命名されている。
南内郭
物見櫓や4棟や王たちの家、煮炊き屋など王たちの居住空間も含めた建物が復元されている。
北内郭
吉野ヶ里集落の中で最も重要で神聖な場所とされており、当時まつりごとが行われていた場所と考えられている。巨大な祭殿をはじめ9棟の建物が復元されている。
内郭の内外に建物の遺構が発見された。竪穴住居、高床住居は祭祀に携わるものやその側近が暮らしていたと考えられており、祭祀が行われる主祭殿、東祭殿、斎堂とともに内郭の中で見つかっている。また、食料を保管する高床式倉庫、貯蔵穴、土坑、青銅器製造の跡なども発掘された。
北墳丘墓
約2100年前の歴代の王やそれに近い身分の人が埋葬された特別な墓である。墳丘の甕棺が出土し、その内1基には青銅の剣とガラスの管玉が、7基には青銅の剣が埋葬されていた。
倉と市
吉野ヶ里の「クニ」の交易の中心地と考えられている。出入りを監視する櫓や者を保管する高床式倉庫、市をかんりする市楼など31棟の建物が復元されている。
南のムラ
「下戸」と呼ばれる一般の人々が住んでいた区域で、竪穴式や高床倉庫など27棟の建物が復元されている。