藤基神社は、村上藩祖・内藤信成候を祀る神社。内藤信成候は徳川家康の異母兄妹で、十代内藤信敦、十一代信思も祀られている。社殿は1849年に８年かけて建立された物で、彫刻は村上が生んだ工匠有磯周斉が手がけた作品である。

他に、八幡大神、菅原道真、稲荷大神なども祀られている。